Artikkelit

Sisältö, joissa tagi Viewpoints.

Puhdilla koronaa vastaan: katsaus COVID-19 pikakaistan tuloksiin

COVID-19-pikakaistalle valittiin yhteensä 15 tutkimushanketta. Näissä hankkeissa on tutkittu viruksen leviämistä ilmateitse, etsitty tapoja estää viruksen kopioituminen, haettu mahdollisia lääkeaineita virtuaaliseulonnalla, tutkittu virusmutaatiota ja tunnistettu virusvariantteja sekvensoinnin avulla. Käytännössä lähes kaikki suomalaisista potilaista määritetyt tuhannet koronavirukset on luokiteltu Puhti-supertietokoneessa.

Lue lisää »

Jakaminen mahdollistaa 16 miljoonan rakenteen seulonnan 7 minuutissa

Tietokoneavusteinen tutkimus on olennainen osa lääkekehitystä. Schrödinger on kehittänyt uuden algoritmin, jossa voidaan hyödyntää GPU-suoritinta vastaavanlaisen geometriahaun suorittamiseksi, mikä nopeuttaa prosessia merkittävästi.  Esikäsitellyn molekyylikirjastotiedoston jakaminen Puhdin levyltä vähentää seulontaan kuluvaa seinäkelloaikaa viikoista minuutteihin.

Lue lisää »

Rakennebiologia apuna SARS-Cov2 lääkekehityksessä

Helsingin yliopiston Ville Paavilainen tutkii pienmolekyylejä, jotka saattavat estää SARS-CoV2-viruksen kopioitumisen ja sitä kautta sairastumisen COVID-19-tautiin. Nyt tiedetään, että nämä molekyylit estävät viruksen leviämistä soluviljelymalleissa ja laajempi testaus on alkamassa.

Lue lisää »

SARS-CoV-2-viruksen pääproteaasin toimintamekanismia selvittämässä

Vattulaisen ryhmä käyttää atomistisia molekyylidynamiikkasimulaatioita ja koneoppimista selvittääkseen SARS-CoV-2-viruksen pääproteaasi mPro:n toimintamekanismin.

Lue lisää »

Supertietokoneet apuna SARS-CoV-2 lääkeaineiden etsinnässä

Tutkijat etsivät uuden koronaviruksen piikkiproteiinin pinnalta alueita, joihin lääkeaine voisi sitoutua ja samalla estää viruksen tarttuminen ihmisen solujen pinnalla olevaan ACE2-proteiiniin. CSC:n COVID-19-pandemian vastaiseen tutkimukseen varaama laskentakapasiteetti on nopeuttanut tutkimuksen etenemistä merkittävästi.

Lue lisää »