null Koronavirus laitetaan kuriin tieteen tietokantojen avulla

Koronavirus laitetaan kuriin tieteen tietokantojen avulla

Kun tutkijat suunnittelevat rokotetta koronavirukseen, he tarvitsevat siihen biologisen ja lääketieteellisen tutkimuksen tuottamia avoimia tietokantoja.

Uusi eläinperäinen koronavirus on samankaltainen kuin SARS-virus. Siksi virukselle annettiin nimeksi SARS-CoV-2 (Acute Respiratory Syndrome-related coronavirus 2). Koronavirus on RNA-virus, mikä tarkoittaa, että se mutatoituu nopeasti.

Huhtikuun alussa koronaviruksella oli yli miljoona kasvualustaa eli viruksen tartuttamaa ihmistä, joiden soluissa virus voi muuttua. Viruksesta voi kehittyä muutama mutaatio, johon uudetkaan rokotteet eivät tehoa. Koska virukset muuttuvat ja ilmaantuvat uudelleen, ei ole muita vaihtoehtoja kuin kehittää jatkuvasti lääkkeitä ja rokotteita.

Koronavirus voidaan kukistaa kansainvälisellä yhteistyöllä ja tiedon jakamisella. Apuna ovat sähköiset tutkimusinfrastruktuurit. Niillä tarkoitetaan laitteistoja, tietoverkkoja, tietokantoja ja palveluita, jotka muodostavat globaalin tiedonvaihdon verkoston. Suomi on jäsenenä näissä infrastruktuureissa ja hyödyt ovat kiistattomat.

Valtavat datavarannot, kuten UniProt ja ENA ovat osa ELIXIR-infrastruktuurin palveluja. ELIXIR (European Life Science Infrastructure for Biological Information) kerää, ylläpitää, säilyttää ja yhdistää biologisen ja lääketieteellisen tutkimuksen tuottamaa aineistoa.

Palvelun ansiosta voidaan linkittää tieto proteiinien vuorovaikutuksesta muiden molekyylien kanssa sekä niiden sijainnista soluissa ja organismeissa.

Tietokantojen ylläpidon turvaaminen on ELIXIRin päätehtävä. Kun tutkijat suunnittelevat rokotetta koronavirukseen, he tarvitsevat siihen näitä tietokantoja. Rokotetta tai antiviraalista lääkeainetta suunnitellessa on tärkeää ymmärtää viruksen perimä ja sen omien proteiinien toiminta.

Tiedonkeruu, tutkimus ja datainfrastruktuurin ylläpito virusten ja bakteerien ekosysteemeistä olisi yhteiskunnalle parasta riskienhallintaa. Viruksiin voidaan haluttaessa ennaltaehkäisevästi kehittää rokoteaihioita ja lääkeaineita, jolloin kriisin puhjetessa terveydenhuollon hoitovarustelun kehitys olisi rivakampaa.

Lue koko kirjoitus: Kaleva 9.4.2020; Tiedolla uupelointia vastaan – koronavirus laitetaan kuriin tieteen tietokantojen avulla

ELIXIR

ELIXIR rakentaa infrastruktuurin bioalan tutkimuksen tueksi. Se yhdistää 21 Euroopan maan ja Euroopan molekyylibiologian laboratorion EMBL:n johtavat organisaatiot yhteiseksi biologisen informaation infrastruktuuriksi. Sen Suomen keskus on CSC – Tieteen tietotekniikan keskus Oy.
http://www.elixir-finland.org
http://www.elixir-europe.org

Lisää tästä aiheesta » Siirry sisältöihin ja uutisiin »

Tommi Nyrönen

Tommi Nyrönen on filosofian tohtori ja biokemisti, Helsingin yliopiston dosentti ja Suomen ELIXIR-keskuksen johtaja CSC:llä.

tommi.nyronen(at)csc.fi