Uusi arkaluonteisen biolääketieteellisen tutkimusaineiston julkaisupalvelu on otettu käyttöön pilottihankkeessa

FEGA-palvelussa voidaan säilyttää sensitiivistä aineistoa, joka on saatu tutkimukseen suostumuksella luovutetuista näytteistä, mutta jota ei voida julkistaa avoimissa aineistotietokannoissa. Tyypillinen palvelussa säilytettävä sensitiivinen aineisto voi olla esimerkiksi RNA-molekyylien sekvensointiaineisto tai tietyn geenin DNA-sekvensointiaineisto potilaan luovuttamista soluista.

FEGA-palvelun etu on sensitiivisten aineistojen kontrolloitu ja tietoturvallinen jatkokäyttö, jolloin avoimen tieteen periaate voi toteutua. Julkisesti rahoitetuissa hankkeissa kerättyjen tutkimusaineistojen tulisi olla mahdollisimman avoimesti myös muiden kuin ensisijaisen löydöksen tehneiden tutkijoiden käytettävissä.

Tieteen läpinäkyvyys paranee, kun esimerkiksi julkaisuprosessin aikana tutkimuksen vertaisarvioijat voivat saada oikeuden tarkastella aineistoa. Tutkimus tehostuu, kun tutkijat saavat käyttöönsä valmiita aineistoja. Vaikuttavuus kasvaa, kun aineistoja käytetään useammassa tutkimuksessa. Aineistojen avaaminen mahdollistaa tutkimuksen toistettavuuden, mikä parantaa tutkimuksen laatua.

Ainutlaatuinen pilottihanke

FEGA-palvelussa toteutettiin pilottihanke yhteistyössä Helsingin yliopiston, HUS Helsingin yliopistollisen sairaalan ja CSC – Tieteen tietotekniikan keskuksen kanssa. Euroopanlaajuisesti uraauurtavassa pilotissa vietiin ensimmäistä kertaa sensitiivistä dataa kansalliseen FEGA-palveluun.

”GDPR-asetuksen voimaantulon jälkeen sensitiivisten aineistojen tallentamiseen ja jatkokäyttöön soveltuvien alustojen puuttuminen on rajannut mahdollisuuksia tehdä kliinistä, translationaalista ja lääketieteellistä perustutkimusta. FEGA-palvelua voi hyödyntää myös uusien tutkimusten käynnistämiseen. Tavoite on, että pilotissa luodut käytänteet hyödyttäisivät seuraavien sensitiivisten aineistojen tallentamista ja käyttöä”, akatemiatutkija Sanna Vuoristo Helsingin yliopistolta sanoo.

”Kontrolloidun ja suojatun aineistojen käytön mahdollistavan FEGA-palvelun avautuminen on tärkeää eurooppalaisen ja suomalaisen biolääketieteellisen ja lääketieteellisen tutkimuksen kannalta. Olen innoissani, että tämä HUS:n, CSC:n ja Helsingin yliopiston pitkäaikainen yhteistyöhanke on nyt saatu maaliin”, HUSin tutkimusylilääkäri ja HUSin FEGA-pilottiprojektin vetäjä Saila Koivusalo sanoo.

CSC on kehittänyt suomalaisen FEGA-palvelun ja toimii tämän palvelun tarjoajana rekisterinpitäjille ja tutkijoille. HUS on kerännyt FEGA-pilottihankkeessa käytetyt näytteet, joista Helsingin yliopiston lääketieteellisessä tiedekunnassa toimivat tutkijat sekvensoivat lyhyitä RNA-molekyylejä, analysoivat sekvensoidun aineiston ja julkaisivat aineistosta artikkelin kansainvälisessä avoimen tieteen periaatteita edellyttävässä julkaisusarjassa. HUS toimii aineiston rekisterinpitäjänä.

Turvallinen käyttää

”Tässä pilotissa vietiin ensimmäistä kertaa suomalaista tutkimusaineistoa kansalliseen FEGA-palveluun, josta data on löydettävissä myös kansainvälisesti. FEGA:n ansiosta dataa ei tarvitse siirtää maiden rajojen yli, vaan data pysyy turvallisesti Suomessa salattuna CSC:n palvelimilla. Varsinaista datan toimitusta edelsi aikaa vievä vaihe, jossa eri tahojen välille tehtiin asianmukaiset sopimukset. Nämä sopimukset ja luodut käytänteet helpottavat palvelun käyttöä jatkossa”, kertoo CSC:n sensitiivisen datan palveluiden johtaja Ilkka Lappalainen.

Aiemmista kansainvälisistä palveluista poiketen nykyinen FEGA-palvelu mahdollistaa tutkijoiden aineiston entistä hallitumman jatkokäytön, koska rekisterinpitäjä voi todella hallita aineistoon pääsyä aineiston koko elinkaaren ajan. FEGA:n avulla voidaan tallentaa sensitiivistä dataa Suomessa tavalla, joka täyttää kaikki yleisen tietosuoja-asetuksen (GDPR) vaatimukset. Aineisto luovutetaan uusiokäyttöön CSC:n tietoturvallisiin sensitiivisen datan palveluihin, eikä aineistosta luoda turhia kopioita.

Käyttölupa tiettyyn aineistoon voidaan myöntää, jos ulkopuoliset tutkijat sitoutuvat aineiston käyttöehtoihin ja jos aineiston käyttö vastaa tarkoitusta, johon aineisto on alun perin tietoon perustuvalla suostumuksella luovutettu. FEGA-palvelussa oleviin aineistoihin tehdään pääsyhakemus CSC:n Sensitive Data Apply -palvelussa ja aineiston analysointi tehdään Sensitive Data Desktop -palvelussa.

Helsingin yliopiston lääketieteellisestä tiedekunnasta ja HUSista FEGA:an vietyihin aineistoihin kohdistuvat pääsyhakemukset arvioidaan vastikään perustetussa datakomiteassa, joka koostuu Meilahden kampuksella toimivista asiantuntijoista, juristeista ja rekisterinpitäjien edustajista. Datakomitean puheenjohtajana toimii ensimmäisellä kaudella HUSin tutkimusylilääkäri Saila Koivusalo.

Yhteistyössä ELIXIR-verkoston kanssa

ELIXIR on Euroopan kattava hajautettu bioinformatiikan tutkimusinfrastruktuuri, jonka tarkoituksena on tuottaa palveluita biologiselle ja lääketieteelliselle tutkimukselle. ELIXIR koostuu 250 tutkimusyhteisöstä 21 eri maassa.

Suomen ELIXIR-keskus toimii osana CSC:tä ja on ollut mukana koordinoimassa suomalaista FEGA-palvelua. FEGA-palvelua kehitetään yhteispohjoismaisessa projektissa, jota rahoittaa opetus- ja kulttuuriministeriö.

“Euroopan laajuisesti Suomi on ensimmäisten maiden joukossa, johon on perustettu kansallinen FEGA-palvelu, ja nyt myös myös kärkimaita, joissa on julkaistu arkaluonteista tutkimusaineistoa FEGAssa. ELIXIR-verkoston kanssa yhteistyössä rakennettu palvelu mahdollistaa tutkijoille datan kansainvälisen julkaisun ja löydettävyyden”, kertoo ELIXIR Suomen johtaja Tommi Nyrönen.

Palvelulle odotetaan uusia käyttäjiä sekä Suomesta että kansainvälisestä tutkimusyhteisöstä.

Lisätietoja

Arkaluonteisen datan palveluiden johtaja Ilkka Lappalainen, CSC,
sähköposti ilkka.lappalainen at csc.fi

Akatemiatutkija Sanna Vuoristo, HY,
sähköposti sanna.vuoristo at helsinki.fi

Tutkimusylilääkäri Saila Koivusalo, HUS,
sähköposti saila.koivusalo at helsinki.fi