Papilloomavirusta vastaan CSC:n resursseilla
Papilloomavirusta vastaan kehitetty HPV-rokote antaa suojaa erityisesti kohdunkaulan syöpää vastaan. Riittävän rokottamisen ansiosta kohdunkaulan syöpien seulontaa voidaan jatkossa keventää tai se voidaan jopa lopettaa rokotetuilta, osoitti tutkimus, jossa hyödynnettiin CSC:n laskentapalveluja ja sensitiivisen datan palveluja.
Oulun yliopiston evolutiivisen lääketieteen dosentti Ville Pimenoffin mukaan HPV-rokotteen antama laumasuoja on tehokas tapa suojata väestöä HPV:n aiheuttamilta syöviltä, etenkin kun sekä tytöt että pojat rokotetaan. Lisäksi väestön riittävä rokottaminen muuttaa jäljelle jäävien vähemmän syöpää aiheuttavien papilloomavirusten ekologista dynamiikkaa.
“Tämä johtaa siihen, että lähitulevaisuudessa kohdunkaulan syövän seulontaa tulee HPV-infektioiden osalta keventää tai lopettaa rokotetuilta seulonnat kokonaan”, Pimenoff sanoo.
Kohdunkaulan syövän lisäksi HPV-rokote tehoaa myös muiden genitaalialueiden sekä suun ja nielun alueiden HPV-infektioiden aiheuttamiin syöpiin.
Lähitulevaisuudessa tulee kohdunkaulan syövän seulontaa tulee HPV-infektioiden osalta keventää tai lopettaa rokotetuilta seulonnat kokonaan.
Ville Pimenoff, evolutiivisen lääketieteen dosentti, Oulun yliopisto
Valtava aineisto vaatii laskentatehoa
Pimenoffin tutkimusala on evolutiivinen lääketiede ja genomiikka. Tutkimus virusten ja muiden mikrobien geneettisestä muuntelusta vaatii paljon laskentaa ja datan käsittelyä. Pimenoff hyödyntää työssään paljon CSC:n laskentapalveluja ja sensitiivisen datan palveluja.
Papilloomaviruksia tutkiessaan Pimenoffin aineistona oli 33 suomalaista kaupunkia ja noin 22 000 niissä asuvaa nuorta. Nuoria tutkittiin 16 vuotta sen jälkeen, kun suurin osa heistä oli saanut HPV-rokotteen. Tutkimusaineisto on maailman suurin paikkakuntakohtaisesti satunnaistettu rokotuskohortti. Se mahdollisti erinomaisen asetelman tarkastella papilloomavirusten evolutiivista dynamiikkaa siinä väestössä, joka oli rokotettu ja verrata siihen osaan väestöä, jota ei rokotettu.
”Tästä aineistosta simuloin tietokoneavusteisesti puolen miljoonan suomalaisen nuoren naisen HPV-infektioiden ilmaantuvuusaineiston. Tähän simulointiin ja siitä saadun synteettisen ja alkuperäisen aineiston muokkaamiseen ja tarkasteluun hyödynsin CSC:n laskentatehoa ja sensitiivisen datan virtuaalipilveä”, Pimenoff kertoo.
Synteettistä dataa voi analysoida CSC:n kaikissa palveluissa. Sensitiivisen datan käsittelyyn CSC:llä on oma palvelunsa.
Ulkomaalaiset yhteistyökumppanit mukaan
Pimenoff on rakentanut yhteistyössä CSC:n kanssa myös järjestelmän, jossa sensitiivisen datan analysointi voidaan jakaa yhteistyökumppaneille ulkomaille.
”Voimme antaa luvan anonyymin datan analysointiin ulkomaalaisille yhteistyökumppaneillemme, mutta aineistot käsitellään vain CSC:n ympäristössä ja niitä ei voi siirtää ulkomaille. CSC:n työkalut sensitiivisen genomidatan analysoimiselle ovat nyt paremmat kuin aiemmin. CSC on tehnyt hyvää kehitystyötä,” Pimenoff sanoo.