ELIXIR Suomi: 10 vuotta suomalaisten biotieteiden sillanrakentajana Euroopassa
Biotieteiden tutkimus pyrkii esimerkiksi ymmärtämään harvinaisia sairauksia ja tutkimaan ilmastonmuutoksen vaikutuksia. Tämä vaatii valtavia määriä dataa sekä edistyneitä työkaluja datan hallintaan ja analysointiin. Näiden tarpeiden vuoksi ELIXIR Suomi perustettiin. Sen tehtävä on rakentaa infrastruktuuria, joka mahdollistaa suomalaisille tutkijoille helpon pääsyn kriittisiin resursseihin. Nyt ELIXIR Suomi juhlistaa kymmentä vuottaan biotieteiden tutkimuksen edistämisessä Suomessa.
CSC – Tieteen tietotekniikan keskuksessa toimiva ELIXIR Suomi tukee Suomessa toimivia biotieteiden tutkijoita tarjoamalla pääsyn keskeisiin tietokantoihin, ohjelmistotyökaluihin ja koulutusmateriaaleihin. Lisäksi se yhdistää tutkijat eurooppalaisiin supertietokoneresursseihin.
ELIXIR Suomen tarina alkoi vuonna 2013, kun Suomen valtio allekirjoitti konsortiosopimuksen liittyäkseen osaksi ELIXIRiä, eurooppalaista biotieteiden datainfrastruktuuria. Vuonna 2014 Suomesta tuli ELIXIRin virallinen jäsen: Suomi liittyi 11. maana kunnianhimoiseen eurooppalaiseen yhteistyöhön. Jäsenyys avasi suomalaisille tutkijoille ovet globaalin biotieteen ja bioinformatiikan aloille ja yhteistyöhön yli 240 tutkimuslaitoksen kanssa 22 Euroopan maassa.
Kymmenessä vuodessa ELIXIR Suomi on edistänyt biotieteiden tutkimusta ja sen vaikuttavuutta merkittävästi. Tärkeimpiä saavutuksia ovat:
- Osallistuminen yli 50 EU-projektiin tutkimusyhteistyön edistämiseksi
- Suomalaisille tutkijoille on tarjottu 160 CSC:n asiantuntijan osaamista
- 13,7 miljoonan euron kansainvälisen rahoituksen kerääminen vuodesta 2019 alkaen biotieteiden innovaatioiden vauhdittamiseen
”ELIXIR Suomen vaikutus on ollut merkittävä. Vuonna 2014 CSC oli mukana vain kymmenissä terveys- ja biotieteiden laskentahankkeissa. Nyt tuemme laskentainfrastruktuurillamme yli 1 600 tutkimushanketta. Ala kasvaa edelleen, ja odotamme hankemäärän yli kaksinkertaistuvan viidessä vuodessa eurooppalaisen yhteistyön ansiosta”, sanoo Tommi Nyrönen, ELIXIR Suomen johtaja CSC:llä.
Katso video ELIXIR Suomen kymmenestä vuodesta:
Kohokohtia ELIXIR Suomen taipaleella
Suunnannäyttäjä tietoturvallisissa pilvipalveluissa
ELIXIR Suomi on alusta asti tehnyt tiivistä yhteistyötä biotieteiden tutkijayhteisön kanssa kehittääkseen palveluja, jotka vastaavat tutkijoiden tarpeisiin. 2000-luvun alussa pilvipalvelut kehittyivät nopeasti, ja CSC lanseerasi ensimmäisen yhteisöpilvipalvelunsa vuonna 2013. Pian kävi selväksi, että biotieteiden tutkijat tarvitsivat tietoturvallisen pilvipalvelun arkaluontoisen ihmistiedon analysointiin.
Tähän tarpeeseen kehitettiin ePouta, tietoturvallinen pilvipalvelu, jossa tietosuoja on ensisijainen prioriteetti. Palvelu mahdollistaa resurssien käytön turvallisen verkkoyhteyden kautta joko erityisesti varatun valokuituyhteyden tai VPN-teknologioiden avulla. Tämä lisäsi tietoturvaa ja helpotti pilvipalvelujen käyttöä, sillä organisaatiot pystyivät liittämään ne osaksi omia verkkojaan.
ePouta on toiminut suunnannäyttäjänä: se on mahdollistanut tutkijoille itsenäisen pilviresurssien käytön ja tarjonnut turvallisen tavan käsitellä arkaluontoista dataa. Tämä tietoturvan kehitystyö loi pohjan myöhemmälle asiakasyhteistyölle, kuten Findatan ja Tilastokeskuksen turvallisten käsittely-ympäristöjen kehittämiselle.
Aineistojen käyttöoikeuksien hallinnan uudistaminen
CSC havaitsi varhain, että arkaluonteisen datan hallinta vaatii luotettavia palveluja aineistojen käyttöoikeuksien lupien hallintaan. Tarve nousi esiin, kun THL Biopankki etsi tehokkaampaa tapaa hallita pääsyä tutkimusdataansa. CSC ja ELIXIR Suomi vastasivat tähän kehittämällä Resource Entitlement Management System (REMS) -järjestelmän, joka tehostaa aineistojen käyttöoikeuksien hallintaa ja mahdollistaa datan uudelleenkäytön.
REMS on täysin sähköinen järjestelmä, joka käsittelee dataan pääsyä koskevat hakemukset, tallentaa päätökset ja myöntää koneellisesti luettavia käyttöoikeuksia. Järjestelmän joustavuus ja tietoturvallisuus ovat tehneet siitä suositun niin Suomessa kuin kansainvälisesti, esimerkiksi Australiassa. Alun perin tutkimusdatan hallintaan suunniteltu REMS on laajentunut, ja sitä käytetään nykyään esimerkiksi kuolintodistusten tilaamiseen Tilastokeskukselta ja ohjelmistojen integroimiseen turvallisiin ympäristöihin.
ELIXIR Suomen sitoutuminen avoimiin standardeihin näkyy siinä, että REMS tukee globaaleja tiedonhallinnan standardeja ja on vapaasti saatavilla GitHubissa MIT-lisenssillä. Tämä on mahdollistanut sen, että järjestelmä on voitu nopeasti mukauttaa esimerkiksi Suomen sosiaali- ja terveystietojen toissijaista käyttöä koskevaan lainsäädäntöön ja tukemaan suuria kansainvälisiä yhteistyöprojekteja, kuten European 1+ Million Genomes -aloitetta.
Tietoturvallisen tiedonhallinnan kehittäminen
CSC:n arkaluonteisten datan palvelut saivat alkunsa pohjoismaisessa NeIC Tryggve -projektissa, jonka tavoitteena oli parantaa arkaluontoisen biolääketieteellisen datan turvallista hallintaa ja siirtoa valtioiden rajojen yli. Yhteistyö nosti esiin kaksi keskeistä tarvetta: palvelun, joka mahdollistaa biolääketieteellisen tiedon säilyttämisen kansallisesti, sekä uuden palvelun, joka yhdessä ePoudan kanssa mahdollistaa arkaluonteisen datan turvallisen hallinnan.
Pohjoismainen yhteistyö osoitti nopeasti tiedon turvallisen siirron, säilyttämisen ja käytön potentiaalin. Vuosikymmenen työ konkretisoitui vuonna 2019, kun Suomessa ja Ruotsissa säilytettyjä videotiedostoja voitiin käyttää turvallisesti etäyhteydellä Oslossa mobiililaitteella ePouta-palvelun kautta.
Tänä päivänä CSC:n arkaluonteisen datan palvelut ovat kehittyneet luotettavaksi alustaksi tietoturvalliseen tiedonhallintaan. ELIXIR Suomen tuki ja verkostot ovat olleet keskeisiä palveluiden vision ja ominaisuuksien kehittämisessä varhaisista prototyypeistä toimiviin palveluihin. Yksi uusimmista ratkaisuista on Federated EGA (FEGA) -palvelun pilotti. FEGA on ELIXIR-verkoston kanssa yhteistyössä kehitetty palvelu, joka on räätälöity erityisesti arkaluonteisen biolääketieteellisen tutkimusdatan tarpeisiin. Federatiivinen infrastruktuuri mahdollistaa genomiikkadatasarjojen säilymisen paikallisten instituutioiden hallinnassa samalla, kun ne ovat käytettävissä yhteistyössä tehtäviin tutkimuksiin.
Tommi Nyrönen
FT Tommi Nyrönen on biokemisti ja Suomen ELIXIR-osakeskuksen johtaja. Hän edistää biotieteisiin liittyvän datan turvallista hyödyntämistä eurooppalaisessa tutkimuksessa.
