Työkaluja täsmälääketieteen avuksi
Yksilöity lääketiede avaa tulevaisuudessa suuria mahdollisuuksia. Tavoitteena on, että tulevaisuudessa potilaan kliininen data voidaan yhdistää geneettiseen dataan ja näiden tietojen pohjalta voidaan laatia yksilöllisiä hoitosuunnitelmia.
PerMedCoE–hankkeessa (HPC/Exascale Centre of Excellence in Personalised Medicine) pyritään parantamaan yksilöidyn lääketieteen mallinnusohjelmistojen yhteensopivuutta eksaskaalan supertietokonejärjestelmiin. Tavoitteena on kehittää täsmälääketieteessä käytettäviä työkaluja. Solujen mallintaminen ja niiden toiminnan simuloiminen parantaa huomattavasti henkilökohtaisia hoitosuunnitelmia. Yksityiskohtainen solujen mallintaminen on kuitenkin valtava urakka ja vaatii paljon supertietokoneiden laskentatehoa.
PerMedCoE:n tulokset ja työkalut on tarkoitettu kaikille tutkijoille. “Kun projekti päättyy kesällä 2023, meillä on päivitettyjä versioita avoimen lähdekoodin pohjalta kehitetyistä mallinnustyökaluista ja ne saatetaan tutkijayhteisön saataville. Hankkeessa luodaan myös uutta osaamista tukemaan täsmälääketieteen työkalujen käyttöä CSC:n laskentaympäristöissä”, sanoo vanhempi datatieteilijä Jesse Harrison CSC:ltä.
PerMedCoE on Euroopan komission huippuyksikköhanke, johon osallistuvat CSC – Tieteen tietotekniikan keskus, Barcelonan superlaskentakeskus (BSC) ja kymmenen muuta akateemista ja kaupallista toimijaa.