null ELIXIR Euroopan laajuinen infrastruktuuri biotieteiden datalle

Kuva: Adobe Stock

ELIXIR: Euroopan laajuinen infrastruktuuri biotieteiden datalle

ELIXIR on eurooppalainen biotieteiden datan infrastruktuuri, joka on Euroopan laajuisesti koonnut yhteen kansalliset osakeskukset (Nodes) ja bio- ja terveystieteiden resurssit joulukuussa 2013 tapahtuneesta käynnistämisestään lähtien. ELIXIR pyrkii ylläpitämään vakiintuneiden kansallisten bioinformatiikkainfrastruktuurien tärkeitä resursseja sekä varmistamaan niiden yhteentoimivuuden.

ELIXIR-keskukset pyörittävät ELIXIRin resursseja ja palveluja

ELIXIR-verkostossa ELIXIR Suomi toimii yhtenä kansallisena osakeskuksena. ELIXIR Suomen toiminnasta vastaa CSC – Tieteen tietotekniikan keskus, jonka kautta suomalaiset bio- ja terveystieteiden tutkijat pääsevät käsiksi erittäin suuriin biologisen tiedon tutkimusaineistoihin ja saavat käyttöönsä tehokasta laskentakapasiteettia, ohjelmistotyökaluja, datan tallennuspalveluja sekä tarvittavaa koulutusta palveluiden käyttöön. ELIXIRin tavoitteena on varmistaa, että kaikilla biotieteiden hankkeilla – riippumatta niiden ELIXIR-jäsenyydestä – on mahdollisuus käyttää pitkälle kehittynyttä, skaalautuvaa ja kestävää infrastruktuuria kaikkialla Euroopassa.

Sitoutuminen foorumien ja yhteisöjen kautta

ELIXIR helpottaa jäseninstituuttiensa ja tutkijoidensa välistä yhteistyötä kahdella toisiaan leikkaavalla organisaatioryhmällä, foorumeilla ja yhteisöillä.

ELIXIR -foorumeita on viisi; data, laskenta, yhteentoimivuus, työkalut ja koulutus. Foorumeita johtavat ELIXIR-päämajassa työskentelevät tekniset koordinaattorit yhdessä osakeskusten johtavien asiantuntijoiden kanssa. Osana ELIXIRiin liittymistä jokainen osakeskus tarjoaa joukon palveluita, jotka ovat yhteensopivia foorumeiden kanssa, esim. CSC Cloud (Compute Platform – ELIXIR Finland).

ELIXIR-yhteisöt ovat osakeskusten tutkijoiden ja bioinformatiikan asiantuntijoiden perustamia ja vetämiä. Niissä tunnistetaan tietyn aihepiirin, esimerkiksi metabolomiikan tai mikrobiologisen bioteknologian, alakohtaiset tai teknologiakohtaiset tutkimuksen tarpeet. ELIXIR-yhteisöjä on yhteensä yksitoista.

ELIXIR-yhteisöjä on yhteensä yksitoista.

Kaiken kaikkiaan ELIXIR-yhteisöt ja -foorumit osoittavat, kuinka ELIXIR edistää pitkäaikaista yhteistyötä yhdistäen kansalliset resurssit ylikansalliseen infrastruktuuriin.

Johtopäätökset ja tuleva yhteistyö 

Yhteenvetona voidaan todeta, että ELIXIR on perustettu kestäväksi infrastruktuuriksi suurten ja maantieteellisesti hajautettujen tietoaineistojen hallintaan ja analysointiin, perustuen maailmanlaajuisiin standardeihin ja yhteisiin komponentteihin. Tämä tuo lisäarvoa kansallisille investoinneille. ELIXIR-ohjelman 2019–2023 mukaan ELIXIRin jäsenmaat ovat sitoutuneet tarjoamaan yhdessä palveluja, joiden avulla eurooppalaiset tutkijat ja heidän yhteistyökumppaninsa voivat päästä käsiksi, analysoida ja uudelleenkäyttää suuria, monimutkaisia ja maantieteellisesti hajautettuja tietoaineistoja. 

Seuraavien viiden vuoden aikana ELIXIR syventää nykyisiä kumppanuuksia ja aloittaa yhteistyötä uusilla aloilla, kuten yksisolugenomiikan, tekoälyn ja koneoppimisen sekä biologisen monimuotoisuuden tutkimuksen aloilla. Näin voidaan edistää visiota, jonka mukaan ELIXIR tukee biotieteellistä tutkimusta ja sen hyödyntämistä yhteiskunnassa, bioteollisuudessa, ympäristö- ja lääketieteessä.

– Nämä yhteistyöhankkeet sekä uudet datan analysointimenetelmät, joissa on mukana asianmukainen tietoturva, yhdistetään CSC:n ylläpitämän ELIXIR Suomen osakeskuksen tehokkaaseen laskentakapasiteettiin. Näin tutkijat pystyvät esimerkiksi nopeuttamaan ja tarkentamaan sairauksien diagnosointia, mikä johtaa lopulta yksilöllisempään terveydenhuoltoon, sanoo johtaja Tommi Nyrönen (CSC), ELIXIR Suomen osakeskuksen johtaja.

Lue lisää

Jennifer Harrow, Rachel Drysdale, Andrew Smith, Susanna Repo, Jerry Lanfear, Niklas Blomberg, ELIXIR: providing a sustainable infrastructure for life science data at European scale, Bioinformatics, 2021;, btab481, https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btab481
 

Lisää tästä aiheesta » Siirry sisältöihin ja uutisiin »

Päivi Rauste