Euroopan tutkimusyhteisö valmistautuu seuraavaan pandemiaan
BeYond-COVID-projektin (By-COVID) tavoitteena on saattaa eri Euroopan maista kerätty COVID-19-data tutkijoiden, sairaaloiden ja julkishallinnon saataville. Datan tunnistaminen, yhdistäminen eri lähteistä ja sen integroiminen analyysejä varten on iso urakka. Tähän haasteeseen on tarttunut 53 organisaatiota 19 eri maasta. Suomesta mukana ovat THL ja Tampereen yliopisto. CSC on keskeisessä roolissa suomalaisen datan käsittelyssä.
THL:n tutkimusprofessori Markus Perola korostaa, että By-COVID-projektissa valmistaudutaan seuraavaan pandemiaan analysoimalla COVID-19-dataa.
”Nyt pilotoidaan, miten tällaista yhteistyötä voidaan tehdä, kun seuraava pandemia tulee”, Perola sanoo. Hänen mukaansa datan harmonisaatiota todella tarvitaan Euroopan maissa.
Perola käyttää lähes kaikissa tutkimuksissaan CSC:n laskentapalveluja ja sensitiivisen datan tallennus- ja analyysipalveluja. THL:n raakadata on CSC:n sensitiivisen datan palveluissa, mutta se ei poistu Suomen rajojen ulkopuolelle.
By-COVID-projekti kerää myös tietoa viruksesta itsestään, mikä on avointa tutkimusdataa. Projektin COVID-19-dataportaali tarjoaa tutkijoille pääsyn analysoimaan yli 8 miljoonaa COVID-viruksen sekvenssiä.
COVID-19-virusdataa analysoitiin LUMI-supertietokoneella
Suomen Akatemia on rahoittanut kokeilua, jossa COVID-19-portaalin dataa on analysoitu ja testattu CSC:n Kajaanin datakeskuksessa sijaitsevalla LUMI-supertietokoneella. Yksi CSC:n tehtävistä on edistää supertietokoneiden käyttöä dataintensiivisessä laskennassa, ja kokeilu tuki By-COVID-hanketta.
Suomen ELIXIR-keskuksen johtaja Tommi Nyrönen CSC:stä kertoo, että projekti selviytyi monista teknisistä datanhallinnan haasteista.
”Eurooppalaisessa superlaskennassa voimme nyt siirtää satoja tuhansia viruksen datapisteitä päivittäin laskentakeskusten välillä, ja tässä apuna ovat eurooppalaiset tutkimusverkot”, Nyrönen sanoo.
Supertietokoneen laskentakapasiteettia tarvitaan tulevaisuudessa analysoimaan koko dataa. Se mahdollistaa nopean reagoinnin tuleviin pandemioihin.